La pratique du Qigong (氣 功) est une partie importante de la culture Shaolin et revêt deux aspects, le salutaire et le martial.  

Le second est généralement celui qui suscite le plus d’intérêt, tout en étant en réalité de moindre importance, en particulier par rapport au développement d’une résistance particulière aux coups, souvent démontrée par des techniques de rupture (de bâtons et de planches de lego ou de pierre) en utilisant différentes parties du corps. 

Les vraies techniques de rupture ou d’endurance physique dans le contexte des disciplines du Temple Shaolin demandent un effort considérable, car ces capacités doivent être atteintes grâce à une grande santé - donc aussi à la pratique des aspects salutaires du Qigong - Et pas au détriment de celle-ci. Pour obtenir de tels résultats, de longues périodes d’entraînement spécifique et très graduelle sont nécessaires, combinant les méthodes 'internes' (Qigong) avec des entraînements 'externes' (conditionnement musculaire et osseux) et des techniques particulières de concentration et de focalisation.

Dans son aspect martial, le Qigong - avec une pratique continue - permet de concentrer toute son énergie et sa concentration en une seule action ou partie du corps, tandis que le conditionnement - toujours à travers une pratique progressive et continue - permet d’accoutumer le corps à un type d’impact donné, en le renforçant et en "lui apprenant" à se protéger du traumatisme qu’il subirait normalement. 

La combinaison de ces méthodes permet, avec le temps et avec la bonne méthode, de développer des caractéristiques remarquables de résistance aux coups sans nuire à la santé. Cette pratique doit être effectuée avec prudence, progressivité et régularité ; pour atteindre de bons résultats en sauvegardant la santé, il faut des mois ou même des années de constance (cela dépend de la partie du corps concernée et des résultats que l’on veut atteindre). 

La pratique des disciplines Shaolin devrait toujours contenir des éléments de Qigong et de conditionnement qui permettent une préparation de base complète combinée à une maximisation des bienfaits pour la santé ; la pratique des techniques de rupture est cependant habituellement - même parmi les moines - facultative et devient la spécialisation de certains, pas de tous. 

L’aspect le plus important du Qigong, bien que moins "scénographique", est en revanche celui de santé, à la fois comme complément à l’entraînement martial Shaolin et comme pratique autonome avec de multiples bénéfices.

En général, tous les exercices qui composent le Qigong de Shaolin sont très naturels et ont des objectifs et des avantages plutôt "pragmatiques" et en grande partie facilement compréhensibles et démontrables scientifiquement. 

Une note générale importante mérite la respiration, qui doit être effectuée de manière profonde et coordonnée avec les mouvements, mais jamais avec des excès ou des forçats : toujours très naturel, détendu et gardant l’esprit "calme". 

La légende veut que ces exercices remontent directement à Bodhidharma, mais en réalité il n’y a pas de documentation historique à ce sujet. Les premiers documents historiques qui ont survécu jusqu’à aujourd’hui remontent à environ 900, donc 400 ans après Bodhidharma ; cela ne veut pas dire qu’ils n’ont pas été développés plus tôt, mais il n’est pas possible de déterminer exactement quand ils ont été créés et par qui. En effet, des documents spécifiques datant de 1200 à 1600 ans sont malheureusement inexistants aujourd’hui.